Изучение истории Туркестана и Центральной Азии в Санкт-Петербурге началось в первой трети XIX в. Это стало возможным благодаря богатым коллекциям восточных рукописей и монет, собранным на факультете восточных языков Санкт-Петербургского Императорского Университета и в Азиатском музее Академии наук. Среди пионеров изучения Средней Азии были такие выдающиеся ориенталисты, как Х. Д. Френ (1782–1851), П. Савельев (1814–1859), Б. Дорн (1805–1881), В. В. Григорьев (1816–1881) и В. Вельяминов-Зернов (1830–1904).

Во второй половине XIX в. интерес к Средней Азии и Туркестану значительно возрос в связи с колониальной экспансией России и включением региона в состав империи. Расцвет этого направления отечественного востоковедения связан с именем академика В. В. Бартольда (1869–1930), чьи многочисленные труды, охватывающие почти все области центрально-азиатских (среднеазиатских) исследований, сформировали петербургскую школу туркестанистики и являются доказательством ее неразрывной связи с иранистикой и тюркологией.

Кавказское направление на Восточном факультете активно развивалось с середины XIX в., прежде всего благодаря стараниям выдающегося востоковеда М.-Дж. Топчубашева и декана факультета В 1855–1861 гг., члена-корреспондента Академии наук Мирзы Казембека. В дальнейшем, на рубеже XIX и XX веков, оно было представлено филологическими программами. Были открыты азербайджанское, грузинское и армянское отделения. Наиболее выдающимся представителем кавказоведения в этот период был академик Н. Я. Марр (1864–1934). В дальнейшем весомый вклад в данную отрасль востоковедения внес академик И. А. Орбели (1887–1961), который в 1955 г. возглавил Кафедру истории Ближнего Востока.

В последующие годы изучение Центральной Азии и Кавказа в Петербургском (Ленинградском) университете было практически прекращено. Основные учебные программы и курсы стали преподаваться в университетах союзных республик Средней Азии и Закавказья. Что касается петербургско-ленинградской научной школы, то в последние десятилетия существования СССР среднеазиатские исследования (часто достигавшие выдающихся результатов) были сосредоточены на археологии (В. Массон, А. Мандельштам, Б. Маршак, Евгений и Тамара Зеймаль) этнографии (Н. Кисляков, А. Розенфельд, В. Курылев) и лингвистике (В. Лившиц, И. Стеблин-Каменский), тогда как изучение средневековой, новой и новейшей истории считалось прерогативой национальных республик. 

В условиях новой геополитической реальности, возникшей в связи с распадом СССР и появлением независимых государств в Центральной Азии и на Южном Кавказе, в России возникла потребность в подготовке высококвалифицированных экспертов по Центральной Азии и Кавказу. Поэтому в 1996 г. изучение Центральной Азии и Кавказа в Санкт-Петербургском университете было возобновлено. Процесс восстановления бартольдовских исследовательских и преподавательских методов, базирующихся на глубоком знании классических восточных языков и истории региона, происходит параллельно процессу изменений в историографии новых независимых государств Центральной Азии и Кавказа, где восстановлению и переоценке подвергаются национальные ценности, культуры и традиции.

В настоящее время на кафедре Центральной Азии и Кавказа, наряду с курсом всемирной истории и другими общефакультетскими дисциплинами по специальности историк-востоковед, читаются курсы по истории, географии, этнографии, культуре и литературе, религии, современному политическому и экономическому положению стран Центральной Азии и Кавказа. Основной упор делается на изучение истории, однако география и этнография рассматриваются как важные базовые дисциплины, без которых понимание истории невозможно. Построение курсов основано на представлении о том, что Центральная Азия, как и Кавказ, — это цельные регионы с общей историей, причем тесно связанные с соседними цивилизациями (Передняя Азия, Россия, Китай).

Таким образом, кафедра предпочитает региональный подход рассмотрению отдельно взятых местных «историй». Следуя этому подходу, восходящему к идеям академика Бартольда о фундаментальной востоковедной подготовке историка-среднеазиатоведа, студенты отделения истории Центральной Азии изучают, прежде всего, классические языки мусульманского Востока, т.е. персидский, турецкий и арабский (в разных комбинациях, причем обязательным является изучение двух из этих языков), и получают широкие знания по истории региона. Под руководством преподавателей студенты знакомятся с важнейшими письменными источниками по истории Центральной Азии, Кавказа и Ирана и учатся читать и понимать средневековые восточные тексты. В дополнение к базовым историческим курсам, преподаватели кафедры предлагают студентам разнообразные специальные курсы и семинары. В связи с повышенным интересом студентов к новейшей истории и современному положению в Центральной Азии и на Кавказе постепенно вводится изучение дополнительных специальных курсов и восточных языков — таджикского, узбекского и казахского.

Для изучения Кавказа с позиции традиционного российского востоковедения следует иметь в виду, что, несмотря на этническую и конфессиональную разделенность, Кавказ вместе с тем являлся и является единым регионом, где в течение без малого полутора тысячелетий сосуществуют и активно воздействуют друг на друга два цивилизационных ареала, порожденных его положением на стыке между Азией и Европой.

Начиная с раннего средневековья, основными источниками для изучения истории и культуры Кавказа все более становятся материалы на арабском, персидском и турецком языках. Для северной части ареала и Азербайджана эти материалы, помимо русских документов (начиная с XVII–XVIII вв.), имеют определяющее источниковедческое значение, а для Армении и Грузии они не менее важны, чем источники на языках этих стран.

Учитывая неразрывные связи истории Кавказа как с историей Ближнего и Среднего Востока, так и с историей Ближнего и Среднего Востока, так и с историей России и специфику кавказоведческих исследований, ее ориентированность на мусульманский мир, подготовка студентов-кавказоведов базируется на изучении одного из трех классических литературных мусульманских языков, — арабского, или персидского, или османско-турецкого, — а также азербайджанского, армянского и грузинского языков; набор групп студентов будет производиться со специализацией «история Кавказа», «История Кавказа (Азербайджан)», «История Кавказа (Армения и Грузия)» с преподаванием соответствующих отделению языков, дисциплин и спецкурсов. 

Кафедра монголоведения и тибетологии является одной из старейших на Восточном факультете Санкт-Петербургского университета. Она была основана еще в Казанском университете в 1833 году. Ee пepвым заведующим стал выдающийся востоковед, член-корреспондент Петербургской академии наук О. М. Ковалевский (1800/01−1878). После открытия Восточного факультета в Санкт-Петербургском университете в 1855 г., кафедра монгольского и калмыцкого языка входила в монголо-калмыцко-маньчжурский разряд. Первым заведующим кафедрой стал А. В. Попов (1808−1865), ранее занимавший должность профессора кафедры калмыцкой словесности Казанского университета.

На кафедре работали такие выдающиеся монголоведы, как К. Ф. Голстунский, Г. Гомбоев, А. М. Позднеев, В. Л. Котвич, А. Д. Руднев, Б. Я. Владимирцов, Н. Н. Поппе, А. В. Бурдуков, К. М. Черемисов, Ц. Ж. Жамцарано, Б. Барадийн. Их многочисленные труды являются классикой отечественного и мирового монголоведения. Собранная ими в течение XIX — нач. XX веков коллекция рукописей и ксилографов на монгольском и тибетском языках является гордостью Восточного отдела Научной библиотеки СПбГУ им. М. Горького.

В период после Великой Отечественной войны на кафедре преподавали академик С. А. Козин, Т. А. Бурдукова, Д. А. Алексеев, Л. С. Пучковский, Б. И. Кузнецов, Л. К. Герасимович, З. К. Касьяненко, Е. А. Кузьменков. 

B 2008 гoду кaфедра монгольской филологии была преобразована в кафедру монголоведения и тибетологии.

В настоящее время на кафедре работают: К. В. Алексеев, H. H. Mocкалева, М. П. Петрова, M. О. Cмирнова, В. Л. Успенский.

Специалисты кафедры монголоведения и тибетологии пользуются заслуженным авторитетом в таких областях востоковедения, как средневековая и современная монгольская и тибетская литература, история и историография Монголии, литература тибетского буддизма, лингвистика. Многие известные современные монголоведы и тибетологи России, которые работают в Санкт-Петербурге, Москве, Калмыкии, Бурятии, Туве являются выпускниками кафедры.